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Examen Genética Molecular Feb 2010 – Biotecnología UFV

– Un fragmento lineal de DNA de 2Kb se circulariza tras incubación con ligasa dando A. Si desnaturalizamos 100 pares de bases antes de la incubación con ligasa obtenemos B. Si tratamos B con girasa una sola vez obtenemos C. Si tratamos C con topoisomerasa I una sola vez obtenemos D. a) Deduce en función de la variación de L y T el número de  supervueltas de A, B, C y D; b) Dibuja un esquema de un gel de agarosa indicando la movilidad electroforética de cada uno de ellos. c) ¿Cómo variaría la movilidad electroforética de cada uno de ellos después de tratar con bromuro de etidio? Suponer que el DNA tiene 10 bp por vuelta.

2 – Se han aislado cuatro mutantes del gen sopA de E. coli analizándose por Southern un digerido Eco RI empleando como sonda un oligo correspondiente al gen. Ese mismo oligo se empleó para analizar el mRNA por Northern. Las proteínas se analizaron por Western, empleando anticuerpos contra la proteína sopA.

Deduce la posible naturaleza de las mutaciones según el resultado de estos análisis que se muestran en la figura.

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3 – En un experimento de replicación in vitro se incubó DNA de banda simple de fago M13mp18 con iniciador (primer) y DNA polimerasa III de E. coli  junto con DNAs de fagos ØX174 y M13 Gori, ambos con iniciador. El DNA de M13 Gori llevaba además la subunidad β de la DNA polimerasa III de E. coli.  En otro experimento la subunidad β estaba en el DNA de ØX174 en lugar del de M13 Gori. La mezcla de reacción contenía los 4 dNTPs, uno de ellos marcado radiactivamente. A distintos tiempos se analizaron los productos de la reacción por electroforesis, y las autorradiografías se muestran en la figura.
a) Interpretar los resultados relacionándolos con lo que ocurriría en la horquilla de replicación.
b) Dibuja el resultado que cabría esperar si en el primer experimento la DNA polimerasa III estuviera originalmente en el DNA de M13 Gori y la subunidad β en el de M13mp18, pero no en ØX174.

4 – La secuencia de la banda codificante del comienzo del gen sopA de E. coli se muestra a continuación:

ATGCC  TAGAC  ATAGC  CGGCG CCTGC  ATATA  CTGCT TACCA TTGGG GCACG50   

ACGTG  CCTAG CCGCT  TGGTC ACCCT ACGAG  GACGA CGAAA CTCAT GGCAC100

CTTTT  AGGAC CCTCA  GCGTA CCATT125  

Para determinar el comienzo de transcripción se realizó un experimento de  “primer extensión” utilizando el “primer” siguiente: GTCCT AAAAG GTGCCAT, obteniéndose un fragmento de 71 pb. Determinar:

1)  la posición del comienzo de transcripción.

2)  las secuencias  –10 y -35 indicando sus posiciones.

3)  que cambios en una sola base harías en la -10 y en la -35 para obtener una mutación up y una mutación down. (Cuatro cambios en total)

4)  razona como afectaría a la actividad del promotor una inserción de 5 nucleótidos en la posición 15.

5) razona como afectaría a la actividad del promotor una deleción de 5 nucleótidos desde la posición 46 hasta la 50.

5 – Razonando la contestación, indicar para los siguientes merodiploides si la expresión de β-galactosidasa (Z) y permeasa (Y) es inducible, constitutiva o no inducible.

a) IOZ– Y+/ IOZY+

b) IOZY+/ I– OZY

c) IOZ– Y+/ I– OZY

d) I– P– OZY/ I+ POZ– Y+

e) IOZY+/ I– OZY

 

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