Nueces

La red social para estudiantes de la UFV

Examen Proteómica Ene 2019 – Biotecnología UFV

Responda verdadero o falso y justifique brevemente la respuesta.

  1. Los espectros de masas (MSI), donde se determina la masa del ion parental con exactitud, contienen información suficiente para determinar la secuencias primaria de los péptidos.
  2. La fuente de ionización de un espectrómetro de masas permite la separación de los iones de acuerdo con su masa. Falso
  3. Con el marcaje ICAT podemos cuantificar todos los péptidos de una muestra independientemente de su composición de aminoácidos. Falso
  4. El valor de qz de los iones es determinante en el efecto de “low mass cut-off” que se puede observar en la fragmentación inducida. Verdadero
  5. La cuantificación iTRAQ se hace a nivel de espectro de masas (MS1).

Selecciona la respuesta correcta (0.1 por respuesta correcta, -0.07 por respuesta incorrecta)

  1. Para fragmentar un ion en una trampa de iones 3D o cuadrupolar…
    1. Se hace un barrido completo de Rfs
    2. Se hace un barrido de Rf omitiendo la Rf de resonancia para una determinada relación m/z.
    3. Se hace un barrido estrecho de Rfs por encima y por debajo de la Rf de resonancia para una determinada relación m/z.
    4. No es posible fragmentar un ion dentro de una trampa 3D.
  2. La exclusión dinámica NO es un parámetro crítico para…
    1. Analizar un grupo de proteínas mediante una aproximación de proteómica dirigida.
    2. Analizar un proteoma mediante una aproximación de proteómica no dirigida.
    3. Separar iones en un espectrómetro de masas.
    4. La caracterización de modificaciones postraduccionales.
  3. La aproximación proteómica “top-down” se basa en…
    1. El estudio de las proteínas intactas a partir de su masa.
    2. La identificación de los residuos modificados de un proteoma.
    3. La cuantificación de los péptidos mediante su fragmentación inducida.
    4. La identificación de proteínas a partir de los péptidos derivados de un proceso de digestión enzimática.
  4. En un análisis “shotgun” o “Data-Dependent”…
    1. Se fragmentan todos los iones de acuerdo con su hidrofobicidad.
    2. Se hace un análisis de alta sensibilidad enfocado a unos iones específicos.
    3. Se busca la fragmentación no dirigida del mayor número de iones posible para la identificación masiva de proteínas.
    4. Se fragmentan todos los iones independientemente de su intensidad.
  5. La existencia de un TOF en un sistema híbrido de masas…
    1. Permite analizar los iones con muy alta resolución.
    2. Permite realizar un filtrado de iones muy rápido y eficiente.
    3. Aumenta sustancialmente el rango de masas que se pueden medir.
    4. No mejora ninguna de las capacidades.
  6. En el espectro de fragmentación de un fosfopéptido…
    1. La serie de fragmentación “b” es muy intensa.
    2. La serie de fragmentación “y” es muy intensa.
    3. Se produce la pérdida neutra del fosfato y este es el ion más intenso.
    4. Las series de fragmentación están muy equilibradas.
  7. Los elementos comunes en cualquier espectrómetro de masas son…
    1. Una fuente de ionización y un cuadrupolo.
    2. Un TOF y un detector.
    3. Una fuente de ionización, un analizador y un detector.
    4. No hay elementos comunes en todos los espectrómetros y cada modelo se caracteriza según su analizador.
  8. La serie de fragmentación “a”…
    1. No contiene la información  de ningún extremo.
    2. Contiene la información del extremo Amino terminal del péptido.
    3. Es una serie acompañante que deriva de la serie “b” por pérdida de H2O.
    4. Es una serie acompañante que deriva de la serie “b” por pérdida de CO.
  9. En lo parámetros de un algoritmo de búsqueda en un experimento bottom-up es importante…
    1. Tener en cuenta la tolerancia del error en el ion parental y en los fragmentos.
    2. Indicar el enzima proteolítico que se ha empleado en la preparación de la muestra.
    3. Considerar las posibles modificaciones fihas y variables de los péptidos.
    4. Todas las opciones anteriores son correctas.
  10. La definición de FDR es…
    1. Es la proporción de asignaciones consideradas correctas entre el total de asignaciones incorrectas.
    2. Es la proporción de asignaciones consideradas incorrectas entre el total de asignaciones consideradas (por encima del umbral).
    3. Es la proporción de asignaciones consideradas correctas (por encima del umbral) entre el total de asignaciones correctas.
    4. Ninguna de las anteriores.

Averiguar la secuencia del péptido de este espectro:

SOLUCIÓN

El resto de ejercicios del examen son ejercicios tipo:

  • Dibujar la secuencia de un péptido dado. (saberse la estructura de todos los aa y cómo unirlos)
  • Identificar picos de un espectro.

próximo Publicación

Atrás Publicación

Dejar una contestacion

Este sitio usa Akismet para reducir el spam. Aprende cómo se procesan los datos de tus comentarios.

© 2019 Nueces

Tema de Anders Norén